Dzięki nowemu systemowi proces wystawiania i odbierania faktur będzie zautomatyzowany. Danych, które zostaną wysłane do Krajowego Systemu e-Faktur nie będzie można zmodyfikować ani poprawić - jedyną możliwością będzie wniesienie korekty.

Ministerstwo Finansów prognozuje, że przez KSeF dziennie zostanie przesłanych do stu milionów faktur dziennie, zaś plany docelowe mówią o około 2 mld dokumentów miesięcznie. W 2022 roku obowiązywać będą dwa systemu wystawiania faktur, zarówno ten znany, tradycyjny, jak i KSeF. Podatnik wystawiając fakturę tradycyjnie, a następnie wprowadzając ją do systemu, zdubluje dokument - jest to sytuacja, na którą będzie trzeba bardzo uważać. Faktura powinna być wystawiona tylko raz. Jeśli działanie będzie odwrotne, czyli najpierw zostanie wystawiony dokument w systemie, a później wizualizację faktury wyśle się do kontrahenta (odbiorcy, nadawcy), to czynność ta nie będzie oznaczona jako zdublowana i wszystko będzie w porządku.

W przyszłym roku korzystanie z KSeF będzie dobrowolne, nabywca może się nie zgodzić na otrzymanie e-faktury. Mimo tego sprzedawca będzie mógł ją wystawić, a klientowi dostarczyć dokument w formie uzgodnionej przez obie strony.

Nie wiadomo jeszcze, czy korzystanie z systemu będzie obowiązkowe od początku 2023 - tę nowelizację musi zaakceptować Komisja Europejska. Przedstawiciele resortu finansów informują, że może się to stać dopiero w II kwartale 2023 r.

Zmiany w wystawianiu faktur zakładają, że podatnicy korzystający z KSeF będą mogli otrzymać zwrot VAT w czasie krótszym niż dotychczas, bo w 40-dniowym terminie. Dodatkowo wszystkie faktury będą miały jeden wzór w formacje xml. Obieg dokumentów może różnić się w dużych i mniejszych firmach - większe będą miały możliwość zautomatyzowania faktur, zaś mniejszym podatnikom zostanie udostępniona specjalna aplikacja. Działania te mają być sporym ułatwieniem dla księgowych.

Nowelizacja wchodzi w życie 1 stycznia 2022 roku.